Для любой разновидности судоку можно изменить размер. На рисунке справа показана классическая головоломка судоку размером 12х12 клеток.
К простейшим модификациям судоку стоит отнести судоку чёт-нечёт. В этой головоломке клетки окрашены двумя цветами, синим и белым. В белых клетках могут располагаться только нечётные цифры (1, 3, 5...), а в синих клетках только чётные (2, 4, 6...).
Добавление чётных и нечётных клеток, обычно, сильно облегчает головоломку. Поскольку разделяет её на две независимые друг от друга задачи. То есть, сначала вы можете решать головоломку только для нечётных цифр, а затем только для чётных. Поэтому, начиная с седьмого номера, у нас публикуются более интересные головоломки Чёт/Нечёт (рисунок слева). В них только некоторые клетки помечены синим (чётные) и жёлтым (или красным - нечётные) цветами, а остальные клетки остаются белыми.
Простой, но довольно интересной модификацией, являются фигурные (или геометрические) судоку. Вместо прямоугольных блоков головоломка разбивается на блоки произвольной формы, в которых цифры не должны повторяться. Эта модификация незначительно усложняет судоку и поначалу может быть очень непривычной.
В отличие от классических головоломок, фигурная судоку может быть произвольного размера, даже 5х5 (рисунки справа).